Сценарий использования интерпретатора PERL не имеет четкого стандарта по поводу того, какой каталог будет является активным каталогом для скрипта, выполняемого в CGI режиме.
Для веб-сервера IIS исполняемый каталог скрипта - обычно корневой каталог сайта, для Apache - каталог, содержащий скрипт.
Для того, чтобы ваши директивы include включали правильный файл, вы должны самостоятельно рассчитать каталог. Лучше прибавить к имени файла константу, содержащую абсолютный путь до корня сайта. Абсолютный путь до корня сайта можно посмотреть в личном кабинете, "полный список функций", "управление сайтами и серверами".
При использования директивы use для сохранения более читаемого вида кода вы можете использовать директиву следующего вида:
use lib (
'./cgi-bin',
'./include'
);
В этом примере вы устанавливаете путь поиска библиотек в каталоге cgi-bin, include от текущего каталога (т.е. для веб-сервера IIS - от корня сайта). В директиве use lib можно также использовать абсолютные пути до ваших библиотек. Абсолютный путь до корня сайта можно посмотреть в личном кабинете, "полный список функций", "управление сайтами и серверами".
Стратегия указания полных путей до файлов применяется в большинстве грамотных больших пакетов. Возьмите её на вооружение. В этом случае у вас не будет проблем на хостинге любой архитектуры и конфигурации, достаточно будет изменить одну константу, или, если это возможно, определить её один раз автоматически.